怎么探索lncRNA表达量的组织特异性-成都快上网建站

怎么探索lncRNA表达量的组织特异性

这期内容当中小编将会给大家带来有关怎么探索lncRNA表达量的组织特异性,文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述,阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

十多年的兰坪网站建设经验,针对设计、前端、开发、售后、文案、推广等六对一服务,响应快,48小时及时工作处理。营销型网站建设的优势是能够根据用户设备显示端的尺寸不同,自动调整兰坪建站的显示方式,使网站能够适用不同显示终端,在浏览器中调整网站的宽度,无论在任何一种浏览器上浏览网站,都能展现优雅布局与设计,从而大程度地提升浏览体验。成都创新互联公司从事“兰坪网站设计”,“兰坪网站推广”以来,每个客户项目都认真落实执行。

公共数据库GTEx,The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project,首次被提出来是2013年,上百位科学家联名在Nature Genetics杂志发表的文章首次介绍了“基因型-组织表达工程”,并成立了“基因型-组织表达研究联盟”(Genotype-Tissue Expression Consortium,GTEx)以下简称“GTEx”)。

因为GTEx数据库直接提供RNA-seq的counts矩阵文件下载,从表达矩阵里面可以根据基因名字区分出来:

  • 1368 个miRNAs,
  • 10167 个lncRNAs
  • 30441 个mRNAs

流程图如下:

怎么探索lncRNA表达量的组织特异性

这个研究的重点是Gini index used to measure tissue specificity,而不仅仅是某个组织的高表达量。 以前我们使用gtex数据库找组织特异性表达基因是直接看top表达量基因,在: https://gtexportal.org/home/topExpressedGenePage 可以搜索,比如我搜索大脑的最高表达量基因,发现它的确可以把大脑区域和身体其它区域很容易的分开。
 

列举这30个组织的特异性的表达,包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA

 

其它物种

留给大家搜索了,理论上很多物种也是有各个器官的表达量信息,包括芯片的以及测序的,包括mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白。

而且,现在不是单细胞水平的研究很流行嘛,理论上这个组织特异性可以进一步细化到细胞类型的特异性。

癌症领域

既然GTEx数据库的30余种组织,可以有特异性的mRNA,lncRNA,miRNA,那么TCGA数据库的不同癌症,理论上也有癌症类型的特异性的mRNA,lncRNA,miRNA。

上述就是小编为大家分享的怎么探索lncRNA表达量的组织特异性了,如果刚好有类似的疑惑,不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道。


分享题目:怎么探索lncRNA表达量的组织特异性
本文URL:http://kswjz.com/article/pojois.html
扫二维码与项目经理沟通

我们在微信上24小时期待你的声音

解答本文疑问/技术咨询/运营咨询/技术建议/互联网交流