扫二维码与项目经理沟通
我们在微信上24小时期待你的声音
解答本文疑问/技术咨询/运营咨询/技术建议/互联网交流
这篇文章将为大家详细讲解有关HEDD数据库怎么用，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。
目前创新互联建站已为上千的企业提供了网站建设、域名、雅安服务器托管、网站托管、服务器租用、企业网站设计、桃城网站维护等服务，公司将坚持客户导向、应用为本的策略，正道将秉承"和谐、参与、激情"的文化，与客户和合作伙伴齐心协力一起成长，共同发展。
增强子作为一种重要的基因组顺式作用元件，在转录调控中发挥重要作用，参与很多的生物学过程，当然也包括了疾病的发生与发展。
HEDD是一个人类增强子和疾病相关的数据库，收集整理ENCODE, FANTOM, RoadMap项目中鉴定到的增强子，并通过增强子与靶基因的调控关系，靶基因与疾病的关联，建立起增强子与疾病之间的关系。
该数据库的网址如下
http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php
目前共收录了2,793,316个增强子，包括RoadMap项目中采用ChromHMM软件预测到的2,328,833个增强子，FANTOM5项目中采用CAGE测序分析预测到的65,359个增强子和ENCODE项目中同时采用Segway和ChromHMM两款软件共同预测得到的399,124个增强子，示意如下
对于增强子基因组区域内包含的各种元件进行注释，提供了以下5种基本注释信息
DHS
DNase酶超敏位点注释
TFBS
转录因子结合位点注释
Histone modification
组蛋白修饰注释
Repeats
重复元件的注释
Conservation
物种间保守性的注释
利用增强子的靶基因，从以下两个角度来构建增强子与疾病之间的关联
从MalaCards,DISEASES,DisGeNET疾病数据库中获取基因与疾病之间的关联信息
从GWAS Catalog,GWASdb,CADD数据库中获取SNP位点与疾病之间的关联信息
以靶基因和位于靶基因内的SNP位点为桥梁，构建出增强子和疾病之间关联网络。
通过Search菜单，可以通过基因组区域，疾病名称，靶基因信息进行检索，检索框示意如下
检索结果示意如下
点击第一列的增强子ID可以查看和下载详细信息
该数据库中的信息是可以免费下载的，不同于其他的增强子数据库，HEDD不仅提供了增强子的基因组区域等基本注释信息，更进一步通过靶基因建立起增强子与疾病之间的调控网络，对开展疾病中的增强子研究具有很大的参考意义。
关于“HEDD数据库怎么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。
我们在微信上24小时期待你的声音
解答本文疑问/技术咨询/运营咨询/技术建议/互联网交流
微信二维码
移动版官网