【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

R语言绘制好看的饼图、空心饼图

饼图或者说扇形图在统计分析结果展示中非常常用，R语言自带做饼图的函数pie，做起来非常简单，只需提供比例，样品名称即可。

默认的颜色只有6中，循环使用的，不过这个颜色可以自定义。

用pie作图其实就够了，但奈何很“卷”，有其他好看的饼图，所以接下来还是结合ggplot2与ggforce做可以变换的饼图，例如空心饼图。单独用ggplot2作图比较繁琐，不建议去尝试了，太费时间没必要。

先做一个基本的饼图。

要想得到空心饼图，只需要将geom_arc_bar参数中r0改为1即可。

想要分割饼图，geom_arc_bar中添加explode参数。

可以发现，以上作图有一个bug就是添加比例标记很麻烦，要想实现自动化需要编写函数很麻烦。参考： 。可以先将每个标签角度计算好，再添加，结果还好。

好了以上就是饼图的内容了，其本质是为了统计比例，结果解读比较直观，我们也是跟风做了一些变换的图形，其实最简单的饼图就可以了，各取所需。此外，还有很多其他方法制作饼图，感兴趣的自行百度了解。

【R语言】--- 饼状图

饼状图，又称为饼图，能够划分几个扇形的圆形统计图。可以描述量、频率、占比的相对关系。R语言中，可以用graphics包的pie()函数、ggplot2包的geom_bar()配合coord_polar()函数绘制，3D 的饼状图，可以使用 plotrix包的pie3D()函数。本文详细介绍饼状图的绘制。

x: 数值向量，表示每个扇形的面积

labels: 字符型向量，表示各扇形面积标签

edges: 多边形的边数(圆的轮廓类似很多边的多边形)

radius: 饼图半径

main: 饼图标题

clockwise: 逻辑值，用来指示饼图各个切片是否按顺时针做出分割

angle: 设置底纹的斜率

density: 底纹的密度，默认值为 NULL

col: 是表示每个扇形的颜色，相当于调色板

[1] Robert I. Kabacoff (著). R语言实战(高涛/肖楠/陈钢 译). 北京: 人民邮电出版社.

[2]

[3]

R语言基础作图三(饼图)

一：饼图

coord_polar是极坐标的意思，区别以往的笛卡尔坐标。coord_polar()作用是把把笛卡尔坐标变换为极坐标。该函数有theta,start,direction三个参数，后者者顶多是图的微调，需要了解可以查看帮助文件，theta才是关键。极坐标参数theta有两个指标半径和角度，就饼图而言，各部分内容的角度不同，半径相同；而默认theta=”x”,即将x映射为角度，剩下的y映射为半径。这些为前期准备，下面一步步分解这个过程。

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