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我在寻找有效地将图像分成小区域,每个区域分别处理,然后重新组装的每一个过程的结果进入GaGa的图像处理的好办法。 MATLAB不得不工具,这款名为blkproc(换成blockproc在新的Matlab的版本)。 在理想的世界中,将支持在输入矩阵司之间的函数或类重叠了。在Matlab的帮助,blkproc被定义为: Blkproc B=(A,[m×n个] CodeGo.net,[mborder nborder],乐趣,...) A是你的输入矩阵, [M n]是块大小 [Mborder,nborder]你是边境地区的大小(可选) 有趣的是适用于每个块的函数 我kluged在一起的方法,但它暨awk和bug还有更好的方法。在我自己的风险,这里是我的代码:
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import numpy as np
def segmented_process(M, blk_size=(16,16), overlap=(0,0), fun=None):
rows = []
for i in range(0, M.shape[0], blk_size[0]):
cols = []
for j in range(0, M.shape[1], blk_size[1]):
cols.append(fun(M[i:i+blk_size[0], j:j+blk_size[1]]))
rows.append(np.concatenate(cols, axis=1))
return np.concatenate(rows, axis=0)
R = np.random.rand(128,128)
passthrough = lambda(x):x
Rprime = segmented_process(R, blk_size=(16,16),
overlap=(0,0),
fun=passthrough)
np.all(R==Rprime)
具体访问
下边是实现的代码
# -*- coding: utf-8 -*-
fileFa = open("SEQ.FASTA", "r") # SEQ.FASTA为氨基酸序列文件
countName = 0
Seqlines = fileFa.readlines()
print u"共" + str(len(Seqlines)/2) + u"条序列" #统计共有多少条序列
for i in range (0,len(Seqlines)/2): #输出氨基酸序列名称
print Seqlines[2*i].strip('\n'); #去掉"" 和 "换行"
fileFa.close()
解释:
首先你的氨基酸序列文件非常有规律的存放在SEQ.FASTA文件中,格式如下:
""+氨基酸名称+换行+氨基酸序列+换行
使用fileFa.readlines()将会把文件中的记录全部读入到变量中,并且返回一个列表,列表的格式如下:
['氨基酸名称\n', '氨基酸序列\n', 'qwe56_44606\n', '
KKERDIWTSXAHVTFAKERTQLAYTLRILVHITLSFEQLLEMEIGLAVGGAFLSSALNVLFDRLAPRGELLKMFQRGKHD
V\n']
所以,如果想获取氨基酸序列有多少条,只需要知道列表的长度后除以2即可。
而获取氨基酸序列名称,只需要输出序列中偶数的项即可。回答完毕,希望对您有所帮助。
如果idct是个字典类型,通过字典的方法has_key()来检查是不是存在某个key。具体调用是:idct.has_key()
lt='CATGCATCGT'
def func1(liststr):
t=list(liststr);d=[]
dct={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'}
for x in range(len(t)):
d.append(dct[t.pop()])
return d
其他的都简单,1.直接字符串反向处理,再逐一翻译;2.用正负数来处理,这个对于大量的任务可以提高效率;3.两遍处理,True、False开关;4.列表内替换,然后反向;5.成对换位,不过效率低下; 6.还有就是直接的字符串替换,然后一个切片s[::-1]就OK了 ;
lt='CATGCATCGT'
lt=lt.replace('A','{A}').replace('T','{T}').replace('C','{C}').replace('G','{G}')
result=lt.format(A='T',T='A',C='G',G='C')[::-1]
在python命令行下面输入:
help(int)
help(valueError)
可以看到 int, valueError的说明文档。
1、首先打开python编辑器,写上注释内容,如下图所示。
2、然后新建一个函数getvalue,如下图所示。
3、接着新建一个字典,如下图所示。
4、利用values这个方法来获取字典中的所有Vlue值,并将结果打印出来。
5、然后调用这个函数,getvalue(),如下图所示。
6、最后选择菜单中的“run”,这时候就可以看到字典中的所有value值已经打印出来了。
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