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[1] 每两行合并在一起
创新互联公司,专注为中小企业提供官网建设、营销型网站制作、自适应网站建设、展示型成都网站制作、成都做网站、外贸营销网站建设等服务,帮助中小企业通过网站体现价值、有效益。帮助企业快速建站、解决网站建设与网站营销推广问题。
@dahuawk 'ORS=NR%2?" ":"\n"{print}'
[2] 每三行合并在一起
@dahuawk 'ORS=NR%3?" ":"\n"{print}'
[3] 每四行合并在一起
@dahuawk 'ORS=NR%4?" ":"\n"{print}'
[4] 统计std cell和sRam占的面积
@dahusummaryReport
[5] 找出drc的port相关的数量
@dahucat postroute_opt.drc | grep -B1 Type: | grep -v Type: | grep "\[" |-
[6] 获得选中的pin的名字
@innovusdbget selected.name
[7] 对一个文件,多目标删除
@dahused -i 's/MODE1\|MODE2\|MODE3\|MODE4\|MODE5//g'
[8] 获得不规则fplan的坐标组
@innovusdbget top.fplan.boxes
[9] 在某个目录下找到带某个字符的文件[区分大小写]
@dahufind -iname "*tcic*"
[10] 在某个目录下,遍历所有文件内容,得到含有某个字符/字符串的行
@dahugrep -r 'insertion delay' ./
[11] 查看当前的INNOVUS版本号
@dahuecho $INVS_VER
[12] 替换某个目录下所有文件内容
@dahused -i"s/查找的内容/替换后的内容/g"`grep -rl"查找的内容"./`
[13] 在gui界面下highlight某条path
@dahu ctd_trace -from * -to * -color *
[14] 引用${REV},为什么采用大括号{}
为了防止引用造成后面错乱。
如:/fs/omp_com_03/RELEASE/top2hlb/R1/HLB_DEF/${REV}/${top}.def.gz
[15] 解压命令
gzip -d FileName.gz
[16] 换某个cell的坐标 {AAA, BBB}
@innovus dbset [dbget top.inst.name XXXXXXXX].pt_x AAA
@innovus dbset [dbget top.inst.name XXXXXXXX].pt_y BBB
@innovus zoomSelected
[17] 设置某一个cell不用
@innovus set_dont_touch BUFF false
@innovus set_dont_touch BUFF true
[18] 找某个性质
@innovus dbSet [].?h
[19] 删去空白行
vim 中:g/^s*$/d
简单解释一下:
g :全区命令
/ :分隔符
^s*$ :匹配空行,其中^表示行首,s表示空字符,包括空格和制表符,*重复0到n个前面的字符,$表示行尾。连起来就是匹配只有空字符的行,也就是空行。
/d :删除该行
[20] echo 写入带有双引号""的内容。
echo ‘ “AAAbbb” ’ 1.tcl
[21] echo 写入带有单引号‘’的内容。
echo “ ‘AAAbbb' ” 1.tcl
[22] keep CPU 数目
@innovussetMultiCpuUsage -localCpu 16
@innovushistory keep 999999
[23] 打开xlsm文件
openoffice.org 文件
[24] 显示clock path路径
@innovus report_timing -to XXX -path_type full_clock
[25]报出没有被约束到的path
@innovus report_timing -to XXX -uncounstrained
[26]报出穿过path中的某一点
@innovus report_timing -to XXX -view
view = MODE + corner
[27] vim 全选(高亮显示 ):按esc后,然后ggvG或者ggVG
[28]
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
1、linux分区
--在linux里面所有的设备、任何东西,在linux看来都是文件。
--文件在它看来,有两种形式:
第一种是字符型(键盘输入、打印机);
第二种是二进制型(硬盘、光驱、U盘)
--linux中所有硬件
--手动分区
--A、至少有两个分区
/ 根分区
SWAP 交换分区(物理内存大小的两倍)
--B、个人桌面分区
/
/boot 128MB is enough
/usr
SWAP
/tmp(用于光盘刻录)
2、linux目录说明
--/dev/xxyN
--xx (分区所在设备类型:hd--IDE硬盘 sd--SCSI硬盘)
--y (标明分区所在设备
例如:/dev/hda 第一个IDE硬盘 或 /dev/hdb 第二个IDE硬盘 或 /dev/sdb 第二个SCSI硬盘)
--N (数字代表分区:1-4--主分区或扩展分区;逻辑分区从5开始!
例如:/dev/hda3 第一个IDE硬盘上的第三个主分区或扩展分区
/dev/sdb6 第二个SCSI硬盘上的第二个逻辑分区)
3、linux目录结构
/ 根目录,最高级别
/bin 系统基本命令存放目录(/usr/bin)
/boot linux的内核及引导系统程序文件存放目录(如:vmlinuz、initrd.img)
一般情况下,GRUB或LILO系统引导管理也位于这个目录
/dev 设备文件存储目录,如声卡、光驱...
/ect 存放系统设置文件(如用户账号密码、服务器配置文件等)
/home 普通用户家目录,默认存放目录
/lib 库文件存放目录
/lost+found 在ext2或ext3文件系统中,当系统以外崩溃或机器意外关机,而产生一些文件碎片放在这里。
当系统启动的过程中,fsck工具会检查这里,并修复已经损坏的文件系统。
有事喜用发生问题,有很多的文件被移到这个目录中,可能会用手工的方式来修复,或者移文件到原来的位置上。
/media 即插即用型存储设备的挂载点自动在这个目录下创建。
如USB盘系统自动挂在后,会在这个目录下产生一个目录;
类似cdrom的目录
/mnt 存放挂载存储设备的挂载目录,如cdrom等目录
/opt 表示可选的意思,有些软件包也会被安装在此,也就是自定义软件包,
比如OpenOffice,或者一些我们自己编译的软件包,也可安装此处。
/proc 操作系统运行时,进程(正在运行的程序)信息及内核信息(比如CPU、硬盘分区、内存信息等)存放在此。
/proc目录是伪装的文件系统proc的挂载目录,proc并不是真正的文件系统
/root linux超级权限用户root的家目录
/sbin 大多是涉及系统管理的命令的存放,只有超级权限用户root才可执行命令存放,普通用户无权限执行此目录下的命令
与 /usr/sbin; /usr/X11R6/sbin; usr/local/sbin 目录相似
(sbin,只有root权限才能执行)
/tmp 临时文件目录,有时用户运行程序的时候,会产生临时文件。
/var/tmp目录和此目录相似
/usr 系统存放程序的目录,如命令、帮助文件等。这个目录下有很多的文件和目录。
大部分Linux发行版提供的软件包都安装在此,涉及服务器的配置文件就安装在/ect中。
/usr/share/fonts 字体目录
/usr/share/man 或 /usr/share/doc 帮助目录
/usr/bin 或 /usr/local/bin 或 /usr/X11R6/bin 普通用户可执行文件目录
/usr/sbin 或 /usr/local/sbin 或 /usr/X11R6/sbin 超级权限用户root可执行命令存放目录
/usr/include 程序头文件存放目录
/var (vary)此目录经常变动
/var/log 用来存放系统日志
/var/www 用来定义Apache服务器站点存放
/var/lib 用来存放一些库文件,如MySQL的,以及MySQL数据库的存放地。
4、基本命令
--查看帮助 *** --help *** --?
--查看详细帮助 man ***
--登录 login
--退出窗口 exit
--关机 shutdown
--重启 reboot
--初始化 init (run level -/etc/inittab),0-6看第六部分的g
--进入根目录 cd /
--回上层目录 cd ..
--相对路径 cd dev
--绝对路径 cd /dev
--查用户名 whoami
--查当前目录 pwd
--列出当前目录内容 ls
-l(树详细显示目录内容)
-m(横列显示目录内容,是屏幕长度显示)
-a(列出全部文件,包括隐藏文件)
-S(以文档大小排序)
--创建目录 mkdir dname
--删除目录 rmdir dname
rm -r *** -(递归删除该目录下所有内容,询问每个准备删除的文件)
rm -rf ***-(强制删除该目录下所有内容,不询问)
--创建空白文件 touch ***
(ps:从技术的角度来讲,linux的文件后缀名没有任何意义)
--复制 cp
cp -r **1 **2 (复制1到2中)
--移动 mv
mv -t **1 **2 (把2移动到1中)
--编辑文本 vi [文件名]
--查看文本 cat 由第一行开始显示文本内容
tac 从最后一行显示,可以看出 tac 是 cat 的倒着写
more 一页一页的显示文档内容
less 与 more 类似,可以往前翻页
head 只看头几行
-N(数字,可根据行数显示)
tail 只看后几行
-N(数字,可根据行数显示)
nl 显示的时候,顺序输出行号
od 以二进制位的方式读取档案内容
--查找文本 find [路径][查找类型][搜索文件名]
如查找rc.local find /etc -name *.local
--查找命令信息及其位置 whereis 命令
如 whereis ls
--查看环境变量 echo $SHELL
如 echo $PATH (分大小写:分隔符是:,windows是echo %path%;)
--链接 ln
如 ln joe.txt a (硬链接,如同复制一个新文件,joe.txt删除后,a还存在)
a是链接的名称,a和joe.txt同步,然后a的内容和joe.txt一样
joe.txt改变,a也跟着变
如 ln -s joe.txt b (软链接,如同创建一个快捷方式,joe.txt删除后,b不存在)
--wc 统计指定文本文件的行数、字数、字符数
--grep(很常用) 在指定的文本文件中查找指定的字符串
grep 字符串 文件名
--col 见管道..
--------------------
----信息显示命令----
--------------------
--date 显示和设置日期
--stat 显示指定文件的相关信息
--who、w 显示在线登录用户
--whoami 显示用户自己的身份
--id 显示当前用户的id信息
--hostname 显示主机名称
--uname 显示操作系统信息
--dmesg 显示系统启动信息
--du 显示指定的文件(目录)已使用的磁盘空间
--df 显示文件系统磁盘空间的使用情况
--free 显示当前内存和交换空间的使用情况
--fdisk -l 显示磁盘信息
--locale 显示当前语言环境
5、挂载点(mount 设备目录 挂载目录)
--访问设备 (那设备当成一个文件,和另外一个文件夹进行绑定)
--例如挂载光驱:步骤 [cd /mnt]---[mkdir cdr]---[mount /dev/cdrom /mnt/cdr]---[cd cdr]--OK!直接访问光驱内容
--卸载挂载设备(umount /dev/cdrom)--注意必须先退出挂载目录,否则出现"device is busy"错误.
6、startup-shutdown(linux启动流程)
--A、boot sequence(important) linux启动过程
a. load bios(hardware information)
b. read MBR's config to find out the OS
(MBR--Master Boot Record,硬盘第一个物理扇区,柱面0、磁头0、扇区1,包含主引导程序和硬盘分区表)
c. load the kernel of the OS
(加载为kernel核心的OS)
d. init process starts...
(启动linux第一个进程init)
e. execute /etc/rc.d/sysinit
(执行系统最重要的配置文件,后台启用进程)
(rc.d--run command)
f. start other modules(stc/modules.conf)
(开启各种模块,如内存管理模块、硬盘管理模块)
g. execute the run level scripts
(系统启动是分层次的,根据情况执行,每个层次之间没关系)
0 - 系统停机状态
1 - 单用户工作状态 root
2 - 多用户状态(没有NFS)
3 - 多用户状态(有NFS)
NFS - Network File System 网络文件系统,联网系统
4 - 系统未使用,留给用户
5 - 图形界面
6 - 系统正常关闭并重新启动
如:cd /etc -- 有rc0.d、rc1.d、rc2.d、rc3.d、rc4.d、rc5.d等多个文件夹,保存着各个层次执行的进程文件
h. execute /etc/rc.d/rc.local (重要)
(保存其它进程脚本,如tomcat自动启动,要修改此配置文件)
i. execute /bin/login
(登录界面)
j. shell started...
7、vi 文本编辑器
--两种模式:命令模式 编辑模式
--vi [文件名]
(切换到编辑模式)
a append-光标后添加
i insert-光标前插入
o open-另起一行编辑
esc (切换回命令模式)
:w 存盘
:wq 存盘退出
:q 退出
:q! 不存盘退出
dd 删除其中一行
dw 删除一个单词
(sudo gedit 文本 常用linux下的文本编辑器,比vi好用)
8、用户设置
--切换用户(switch user) su username
小技巧:直接exit切换
--添加用户 useradd username [-g] [组名](分配到某个用户组)
(创建后会自动在/home目录下创建该新用户的文件夹,如/home/username)
--设置密码 passwd username
--cd /etc
--查看用户信息 more password
如新增的用户信息:username:x:500:500::/home/username:/bin/bash
第一个数字,代表用户组,当添加用户没有指定用户组时,系统会创建一个和用户ID一样的组ID;
第二个数字:用户ID号;
用户的目录是/home/username;
用户的SHELL是/bin/bash
(命令---SHELL[解释命令]---kenrel内核)
SHELL有多种类型,如csh、bash(常用)、bsh、ksh、sh(最原始)
--添加用户组 groupadd groupname
--查看用户组信息 more group
--删除用户组 groupdel groupname
--修改用户 usermod [-g] [组名] [用户名]
--删除用户 userdel username
然后把/home的文件夹删除了 rm -rf 文件夹
9、权限file privilege
--linux把文件的权限分成四种:r:read w:write x:execute -:none
如:-rw-r--r--
lrwxrwxrwx
drwxr-xr-x
drwxr-xr-x
第一个数字'-'代表文件,其余是文件夹,后9位分为3组,每组有四种权限设置rwx-
第一位表示文件所有者
第二位表示和所有者在同一用户组的用户
第三位表示不在同一用户组的用户权限
--设置权限 (随意应用,灵活组合!)
1、普通用法
--添加权限 [chmod +x 文件]
如:-rw-r--r-- --- -rwxr-xr-x
--删除权限 [chmod -x 文件]
如:-rwxr-xr-x --- -rw-r--r--
--给自己添加权限 [chmod ?+x 文件]
如此类推,组--g,其他人--o
如:chmod u+x -rw-r--r-- --- -rwxr--r--
chmod g+x -rw-r--r-- --- -rw-r-xr--
chmod o+x -rw-r--r-- --- -rw-r--r-x
2、专业用法 chmod 755/777
--原理,八进制转二进制
如755,111 101 101, rwx r-x r-x
777,111 111 111, rwx rwx rwx
--修改所有者权限 chown (change owner)
如:chown 原来文件 file1 的所有者是 root,改成joe的
chown joe file1
10、管道(把上一个命令执行的结果交给下一个命令)
--使用方法:
命令1|命令2|命令3......|命令n
--使用举例
--$ls -Rl /etc | more
(如 ls -Rl /etc (在控制台模式下,无法返回前面过去的信息),因此需要管道执行该查询,实现分页的工作, ls -Rl /etc | more)
--$cat /etc/passwd | wc
(显示文件结果,再数数有多少行)
--$cat /etc/passwd | grep lrj
(显示文件结果,再查找包含lrj的行)
--#dmesg | grep eth0
(显示系统启动的信息,再查找包含eth0的行--真正含义,检查网卡执行信息是否正常)
--$man bash | col -b bash.txt
语法:col [-bfx][-l缓冲区列数]
补充说明:在许多UNIX说明文件里,都有RLF控制字符。当我们运用shell特殊字符""和"",把说明文件的内容输出成纯文本文件时,控制字符会变成乱码,col指令则能有效滤除这些控制字符。
参数:
-b 过滤掉所有的控制字符,包括RLF和HRLF。
-f 滤除RLF字符,但允许将HRLF字符呈现出来。
-x 以多个空格字符来表示跳格字符。
-l缓冲区列数 预设的内存缓冲区有128列,您可以自行指定缓冲区的大小。
--$ls -l | grep "^d"
(用正则表达式筛选出目录列表中 头字母为'd' 的内容--目录)(^是正则表达式开头部分)
--$ls -l * | grep "^-" | wc -l
(列出目录列表中 头字符为'-'的内容--文件,并统计显示的行数wc -l)
11、其他命令
--wall(warning all) 通知所有人
a.命令替换
如 wall `date`、 cd 'pwd'、mkbootdisk $(uname -r)
b.重定向
重定向输出:
如 ls cmd.txt ,把文件写到cmd.txt,不输出在控制台
ls cmd.txt ,把文件追加写到cmd.txt
重定向输入:
如 wall cmd.txt,把文本内容发给所有人
12、修改系统的默认系统级别
常用3和5
3 - 多用户状态(有NFS)
NFS - Network File System 网络文件系统,联网系统
5 - 图形界面
PS.设置用户权限: sudo chmod 777 目录
4表示读,2表示写,1表示执行.
第一位表示文件所有者,第二位表示和所有者在同一用户组的用户,第三位表示不在同一用户组的用户权限.
755表示文件所有者可读写,执行.
第二位5表示与所有者在同一用户组的可读,可执行,不可写.
第三位5表示其它组可读,可执行,不可写. 转载于Joewalker在本人空间也有详细说明
Linux系统下\t参数是水平制表(制表符) ,就是键盘上的tab键的功能,代码案例分析:
echo -e "a\tb" #输出的就是a b,a与b中间的空位就是水平制表(制表符)。
在linux下想从键盘输入制表符,需要同时按下Ctrl+v+tab 即可(或者用命令/t参数代替tab键的功能)。
我们在微信上24小时期待你的声音
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