R语言GEO数据挖掘:步骤四:富集分析KEGG,GO

3 GO富集分析 加载了注释库之后，读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。读取基因列表文件，并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

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前景基因：指的是我们所要进行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某个基因集合进行富集，这个基因集合就是背景基因 描述信息：每个GO的Term的属性，或者是每个KO号或者map号的属性。

安装clusterProfiler：对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。

把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道 同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

scale_y_discrete则调节label过长的情况，让图片看起来 更美观。3)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。

如何用R语言画气泡图

坐标为x，y的点图 点的size 用另一变量Z控制。

然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图。 首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息：稍作改变，去除图例添加facet。

可以画出气泡图的R函数有symbols。绘制气泡图主要使用函数symbols(x，y，circle=r).当中x、y是坐标轴，r是每一个点的半径。

如何使用R语言的ggplot2包画气泡图

1、坐标为x，y的点图 点的size 用另一变量Z控制。

2、然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图。 首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息：稍作改变，去除图例添加facet。

3、ggplot2画图必要部件-数据，映射和几何对象1 数据数据(Data)用于画图的整洁数据library(tidyverseggplot()先只提供数据，创建一个空图形。# ggplot()先提供整洁数据，生成一个空图形2映射映射，把数据变量集与图形属性库建立关联。

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